有一些自然生物现象明显的违背了提倡进化论者提到的“适者生存”、“用进废退”学说，大家看了这些例子，对于进化论，或许也能自己做出正确的判断。
章鱼的大眼睛
生活在深海中的两种动物，章鱼和乌贼，牠们每天待在漆黑的环境中，大部分跟牠们生活在同样环境的鱼类都是盲眼的。奇怪的是，章鱼和乌贼的眼部构造，竟然与人类的眼睛大致相同。依照“用进废退”假设，牠们实在用不着这双大眼睛。按照“适者生存”理论，牠们这双眼睛并不会增加生存竞争力，因此这个例子刚好说明了进化论的假设错误。
毫无竞争力的寄生虫
寄生在羊肝中的肝吸虫，母虫每次产卵约一千五百万个，卵会随着羊只的粪便排出。牠的繁衍方式很特殊，必须有一种蜗牛爬过，卵附着上蜗牛，经由蜗牛移生于植物上，再由羊只吃下植物，回到羊肝中繁殖。在此过程中，一千五百万个卵大约只有十多个卵能存活。这种繁殖过程，在物竞天择中应该不容易与其他物种竞争，但是肝吸虫几百万年来，都是用相同的方法繁殖。
慢吞吞的树獭
生活在澳洲树上的树獭，行动非常缓慢，排泄时必须爬到地上来，虽然它在土地上的排泄有助于增加树木的养份，但是由于它行动缓慢，地面上的捕食者很容易伺机将其捕捉。有很多动植物的繁殖、生存过程，都有类似这样不合理的情况，按照物竞天择的说法，应该很容易被淘汰。但是这些动植物早已生存很久了，而且许多动植物的生理结构在百万年间都没有重大改变。
始祖马的疑问
人们常常引用马的进化作为循序渐进的例子。据说在始新纪的岩层中发现了一种叫做始祖马的小种四蹄兽化石，于是，有科学家宣称它是现代马的祖先，认为它的特征与现代马相符，表示了一种渐进的进化形式。然而，目前发现的考古证据并不完全支持这个观点，由于以下原因，我们还不能肯定始祖马就是现在马的祖先。
1. 有科学家解释说，始祖马的体形比现在马小，可见它是逐渐由小到大，进化到现在马的体形。这种说法显然不合理，因为今天存在的马种仍有大小之分，比如迷你马比一般的马小很多。
2. 始祖马和现代马都同样有十八对肋骨，而人们认为是中间形态的一种马（学名Orohippus）有十五对肋骨，同时另一种中间形态马（学名Pliohippus）却有十九对肋骨。
3. 始祖马的骨骼结构与现代的蹄兔相当类似，这一点人们并没有完全认识到。一些科学家相信，始祖马与马毫无联系，它可能是蹄兔的变种。
总之，化石证据并不能说明生物由低等到高等的进化理论；相反的，许多高等动物的化石往往突然间出现在某个岩层里。生命的起源究竟是怎么回事，多年来仍是许多科学家不解的疑惑。