四百万年前的人类上臂肱骨化石
一九六五年，考古学家帕特森（Bryan Patterson）和豪威尔斯（W.W.Howells）在非洲肯亚的Kanapoi发现一件经鉴定为四百万年前的人类上臂肱骨化石。美国加州大学的马克亨利教授（Henry M.McHenry）和克卢希尼教授（Robert S.Corruccini）称，此肱骨和现代人的肱骨几乎没有任何差别。（见参考资料4）
三百四十万年～三百八十万年历史的人类脚印
一九七六年，著名考古学家玛丽．利基（Mary D. Leakey）领导的研究小组在非洲坦尚尼亚北部、东非大裂谷东线，一个叫拉多里（Laetoli）的地方发现了一组和现代人特征十分类似的脚印，这些脚印印在火山灰沉积岩上，据放射性测定，火山灰沉积岩有三百四十万年～三百八十万年的历史。脚印共两串，平行紧挨着分布，延伸了约27公尺。从这些足迹可以明显地看出，其软组织解剖的特征明显不同于猿类。其重力从脚后跟传导，通过脚的足弓外侧、拇指球，最后传导到脚拇指，脚拇指是向前伸直的。而猩猩及南方古猿（Australopithecus）直立行走时，重力从脚后跟传导，但通过脚的外侧传导到脚中指，且脚拇指是向侧面伸出的。（见参考资料8）
二百万年前的人类大腿骨化石
一九七二年在肯亚的图尔卡纳湖（Lake Turkana）发现的大腿骨化石和现代人类形态十分相似，据估计年代是在二百万年前。（见参考资料4）
一百万年前的人类骨骼
一九一三年德国科学家瑞克（Hans Reck）在非洲坦尚尼亚奥都洼峡谷（Olduvai Gorge）发现一具完整的现代人类骨骼，它处在约一百万年前的地层中。（见参考资料4）
三十万年前的人类骨盆化石、股骨
据一九九九年五月二十七日中国《科学时报》报导，西班牙古生物学家在该国北部布尔戈斯省阿塔普埃卡山区，发现了三十万年前的史前人类骨盆化石、股骨及一些石制工具。
二万六千年前的一百三十五个人类骨骼
一九九八年五月二十九日美国科学杂志《Science》报导，在澳大利亚新南威尔斯的蒙戈湖（Lake Mungo）、威兰卓湖（Lake Willandra）附近发掘出二万六千年前的一百三十五个人类骨骼、壁炉等史前古器物。另外在蒙戈三号坑还出土了一具完整的三万年前的男子骨架化石，涂抹着赭石染料，手臂叠放在胸前，是按照葬礼仪式埋葬的。
除了上面列举的化石发现，物种间分类的矛盾现象也引起了科学家的思考。
海藻的种系生物学与进化论的不可靠性
据“每日科学”（ScienceDaily）网站七月二日报导，荷兰莱顿大学(Leiden University)的海藻专家德斯玛（Stefan Draisma）认为，褐色海藻的种系分类是不正确的，几乎应该完全颠倒过来。他的这一发现已得到很多海藻学家的支持。
根据他的研究发现，人们对现有的褐色海藻各类间的关系上的认识几乎都是错的。比如说，根据现有的结论，可能会推出简单物种甚至比复杂物种出现的还要晚。（见参考资料9）
在生物学家的植物分类中，海藻是最低等的植物。它们的生长很简单，不管海水中，还是淡水里，都可以见到它们的踪影。褐色海藻属多细胞藻类，常见于温带。它的种类很多，小的细如丝，大的如在加州海岸水下森林的则长达50余公尺。在分类时，科学家们除了研究褐色海藻的外部特征以外，还分析它的DNA成分。
根据德斯玛教授新的种系分类，生物学家可以重新整理褐色海藻的详细分类。与旧的分类相比，新的分类方法更详尽，也更自然一些。比如，以往只有13种，新的分类则认为有20种。
在这次重新的分类、整理中，生物学家也发现了一些新的种类。其中包括来自中国华南沿海的，只有1、2公分长的藻类。
其实，这种物种间分类互相矛盾已经不是什么罕见的事情了。这些矛盾的现象让许多科学家对进化论开始产生了怀疑。一般说来，根据不同物种间的差异能得出物种间的比较树状图，这也就是科学家们一般认为的进化论的证据，同时用它来进行生物物种分类的研究。如果承认进化论的话，就要承认进化论中的这种亲属关系。在达尔文时代尚未有近代的高级分析方法如分子生物学等，详细的分类是近代才有的。确定亲属关系的标准有许多，比如DNA、蛋白质、或细胞色素C等等的序列比较法。在这几种不同方式中，最广泛使用的进化树状图是以细胞色素C序列比较法为基点建立起来的。
如果进化论是正确的，各种标准之间应该是前后一致的，但事实并非如此。用不同方式比较出来的结果经常是互相矛盾，甚至得到令人啼笑皆非的结果。比如根据细胞色素C的蛋白质序列来比较推算物种之间的亲属关系，发现在进化过程中人与袋鼠的亲缘关系要比人与猿的关系更近。但事实上，我们都知道人与猿均属灵长目，从生物学上看也有许多其它方面类似。所以从细胞色素C的比较结果所得出人与袋鼠的关系比人与猿的近，则有悖于其它标准得出的结果；且与常识不符，因为目前普遍认为人是从猿进化而来。从另一方面讲，澳洲大陆与其它大陆的分离是几千万年前的事，所以澳洲袋鼠与人的亲缘关系比猿与人的关系近也是讲不通的。（见参考资料10、11）
此外，海龟是爬行动物的一种，然而根据细胞色素C来比较的话，海龟与鸟类的亲缘关系程度要比海龟与其它的一些爬行动物比如蛇，更相近。不仅如此，鸡鸭的相近程度还没有鸡与企鹅的相近程度大。
应该说明的是，在已经研究过的四十余种树状图中，以细胞色素C为基准的树状图还算是与进化论最符合的。那么，其它树状图中的漏洞就可想而知了。（见参考资料12）
更值得我们深思的是，这些结果经常不见报导，人们往往只报告与他们结论吻合的观点。